有很多對環境潔凈度要求較高的廠房，比如化妝品、洗潔精等企業的潔凈廠房在使用過程中，很重要的一項工作就是防止潔凈室的污染，污染是指通過人員往返、工具運輸、物料傳遞、空氣流動、設備清洗與消毒、崗位清場等途徑，將不同品種產品的成分混入導致污染，或因人為、工器具、物料、空氣等不恰當的流向，使潔凈度低的區域的污染物傳入潔凈度高的區域，而造成污染。那么，如何防止潔凈室的污染呢?
一、合理布置建筑空間面積
潔凈室的空間并非越大越好，具體的空間面積應根據潔凈室的實際用途進行規劃和設計。在設計方案時需要考慮到施工工藝流程，避免因迂回返程施工。另外還需要合理劃分區域，生產區和儲存區應有與生產規模相匹配的空間面積。除此之外，還需要考慮到日后的維修空間。明確功能區域，可以很大程度上減少差錯，進而減少潔凈室內的交叉感染。
二、提高設備水平
設備的技術水平也會對潔凈室的潔凈度產生影響，在機器運轉過程中，性能較差的機器會因為時間久了而產生自身會產生灰塵或者排放廢氣，這會給潔凈室帶來一定的污染。所以在選擇安裝在潔凈室內的機器時，應挑選加工精度、密閉程度都較為良好的機器，或者把機器安裝在隔離區，分隔安裝空間，也可以在一定程度上較少潔凈室被較差感染的幾率。
三、分設空調凈化系統
潔凈室也有著不同的用途，操作空間、儲存空間等等，在醫療行業的藥品存儲中，不同種類的藥品對溫度的要求是不一樣的，另外一些藥品可能還會帶有一定的放射性。所以，針對不同用途的潔凈室要求，還應分設不同的空調凈化系統，對于一些具有揮發性的物品還應單獨密封存儲，避免對其他潔凈室產生氣體污染。
四、嚴格控制人流物流
能給潔凈室帶來最大潔凈隱患的是每天需要在潔凈室內進出的工作人員，所以潔凈室應設專用的人流、物流通道，并配備齊全的消毒設備，工作人員進入潔凈室之前應穿戴潔凈工作服。在除此之外，在設計時還應縮短物流運輸通道的長度，潔凈區內不設無關的多余崗位管道。
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