由于BSL-3實驗室與一般潔凈室在使用目的、實現方法及運行模式上有著根本的區別，因此為達BSL-3實驗室的要求，其潔凈送排風系統與一般意義的潔凈送排風系統有比較明顯的區別和特點。下面簡單介紹國內外BSL-3生物安全實驗室凈化工程的潔凈送排風系統的特點與區別。
國外BSL-3實驗室凈化工程送排風系統一般為全新風送風空調系統，根據潔凈實驗室的級別的不同，設集中的送風HEPA過濾器(作用:過濾雜質等)箱或高效送風口；雙風機排風系統，一用一備，(平時雙臺降頻運行，一臺故障時，另一臺升頻運行)設集中的排風HEPA過濾器箱，可以對排風HEPA進行消毒處理及原位過濾效率檢測；集中的HEPA過濾器箱的設置，使HEPA過濾器的更換、檢測更加方便，而且更換、 檢測可以在潔凈實驗室以外的設備層中進行，便于實驗室本身的人員安全管理。
實驗室凈化工程由于潔凈實驗室-生物安全實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其安全性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到安全要求和使用要求后才可投入運行。由此帶來的問題是造價較高。送風口及排風口的布置方式一般為上送上排，而且為在房間的清潔側設送風口，再在房間的污染側設置排風口，控制室內氣流流向為從清潔側流向污染側。
另外，根據消毒的需要，送風風管及排風風管設置氣密閥，以便消毒時使用。風量(定義:單位時間內空氣的流通量)控制閥門一般使用有高速蝶式調節閥(使用材料:鑄鐵、鑄鋼、不銹鋼等)、文丘里調節閥、氣囊式調節閥。多數采用定排風量，變送風量的模式控制室內壓力值。
在國外BSL-3生物安全潔凈實驗室的空調系統中，允許多套實驗室共用一個送風系統及一個排風系統，BSL-3動物生物安全實驗室和BSL-3生物安全實驗室要分別設置送風系統及排風系統。實驗室建設實驗室裝修采用可靠的材料，合理的施工措施，保證潔凈實驗室-生物安全實驗室始終處于相對密封的環境，防止微生物的外逸，易于實驗室的清潔消毒，同時避免外部對實驗室環境的破壞。
實驗室裝修由于實驗室凈化工程-生物安全實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其安全性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到安全要求和使用要求后才可投入運行。這樣整體系統可靠性提高，但對于自動控制（control)系統要求會變得更高。
國外對于BSL-33級的生物安全實驗室尤其對相當于國內BSL-3(I)、BSL-3(Ⅱ)的實驗室，側重于控制各個房間之間空氣的流向，對維護結構的氣密性要求不高，特別不希望使用氣密門，需要門關閉后有一定的泄漏量，這樣更有：利于控制氣流流向。在澳大利亞的某個潔凈實驗室曾經發生過由于使用氣密門，造成房間之間氣流流向失控，最后在氣密門旁的墻體上安裝泄漏口，而控制氣流流向的案例。
實驗室凈化工程，國內的BSL-3生物安全實驗室一般為全新風送風空調系統，送風系統設高效送風口；雙風機排風系統，一用一備，(平時1臺運行，一臺故障時，另一臺運行)需要一定的切換時間才能完成切換；在室內設排風HEPA過濾風口；送風口及排風口的布置方式一般為上送下排，而且為在房間的清潔側設送風口，再在房間的污染側設置排風口，控制室內氣流流向為從清潔側流向污染側。另外，根據消毒的需要，送風風管及排風風管設置氣密閥，以便消毒時使用。
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