食品廠凈化車間配套的倉庫主要有原料倉庫、輔助材料倉庫、成品庫、包裝材料庫、雜物倉庫等，此外提醒有些食品廠凈化車間根據自身的特點，要需配套設置一些玻璃瓶及集裝箱堆放場、危險品倉庫等。果蔬類原料倉庫，較長時間儲藏的，一般用冰點以上的冷庫，庫內相對濕度以85%-90%為宜，一般設在多層冷庫的底層或單層平房內;短期儲藏的，一般用常溫庫，可用簡易平房，倉庫的門要便于物料進出。如有需要，還可以對果蔬原料采用氣調儲藏、輻射保鮮、真空冷卻保鮮等儲藏方法。
食品廠凈化車間配套的糧粉類倉庫，按控溫性能可分為低溫倉15攝氏度以下、準低溫倉20攝氏度以下和常溫倉;儲粉倉庫應保持清潔衛生和干燥，袋裝面粉堆放儲存時，應用枕木隔潮。食品凈化車間配套的原料倉庫，所用的冷庫一般也稱為低溫冷庫，溫度為零下18-15攝氏度，相對濕度為95%-100%，為防止物料干縮，避免使用冷風機，而采用排管制冷。
包裝材料庫要求防潮、去濕、避曬，窗戶宜小不宜大，庫房樓板的設計荷載能力隨物料容量而定，物料容量大的，如罐頭成品庫之類，宜按1.5-2.0t/m考慮，容量小的空罐倉庫，可按0.8-1.0 t/m考慮，介于這兩者之間的按1.0-1.5 t/m考慮。食品廠凈化車間配套的保溫庫，一般只用于罐頭制品的保溫，宜簡稱小間形，以便按不同的班次、不同規格分開堆放，保溫庫的外墻應按保溫墻設計建造，不宜開窗、門要緊閉;庫內空間不必太高，2.8-3.0M即可，每個小間應單獨配設溫度自控裝置，以自動保持恒溫。
食品廠凈化車間配套的成品庫，要求貨物進出方便，地坪樓板要結實，每平方要求能承重1.5-2.0t，可使用鏟車托盤堆放時，需考慮附加負載。水分和油脂含量高的蛋糕、面板等制品的庫房，應保持一定的溫濕度條件，以防止制品過早干硬或油脂酸敗;面粉制品不可露天堆放，糖果類及水分含量低的餅干類制品的庫房應干燥、通風，防止制品吸水變質。車間凈化是全廠的核心，倉庫的位置只能緊緊圍繞這個核心合理地安排，工藝設計人員在考慮工藝布局的合理性和流暢性時，決不能只考慮食品廠凈化車間內部，而應把基點擴大到全廠總體上來。
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